Юлия, в начале июня море будет достаточно прохладным на всех островах, возможно только рядом с Афинами теплее. Если выберете Крит или Родос однозначно берите машину. На Крите есть два прекрасных места Рефимно и Ханья, на машине расстояние в несколько часов. Мы на неделю останавливались в одном месте и на неделю в другом, на машине каждый день ездили на разные пляжи, возможно на пляже "балос" будет теплей так как там мелко, но балос один из красивейших пляжей Крита. Санторини действительно прекрасен но больше двух дней делать там нечего, и море будет там холодное. Только погулять, проводить закат и все, можно ехать в другое место.