Ирина, никто не будет ничего считать, подтверждением Вашего пребывания в стране будут не только даты пересечения границ ЕС, а посещение Вами врачей, использование банковской карты на территории страны, получение корреспонденции и прочее. Считают только в случае длительного отсуствия.
Конечно, было бы хорошо, если бы Вы при себе ту карту ВНЖ имели, но на всякий случай закачайте ее в Walet или другую программу, если возникнут вопросы. А вообще Вы имеете право на протяжении 3 месяцев по визе D туда сюда ездить. Или 3 месяца уже истекли?