Елена, я бы не советовала вам аннулировать чешскую визу. Она всего полугодовая, откатайте ее полностью и подавайте на голландскую. Поверьте, они (в посольстве Нидерландов) не будут корпеть над вашими штампиками и высчитывать дни,    тем более, что штампики не дают никакой информации, где вы фактически эти дни провели. Т.е. на получение следующей визы это никак не влияет. В каком-то комментарии вы писали, что будете подавать на 1-разовый въезд. Это решение вызвано вашей паникой? Почему 1 въезд? В этом нет никакой логики. Как минимум вы должны просить не меньше предыдущей, а лучше годовую. Какую они выдадут - это их дело, а ваше дело - правильный запрос.
А на паспортном контроле также возможен вариант, когда не задают ни единого вопроса    Удачной вам поездки!