Да, в российском загранпаспорте, полученном в Крыму стоит отметка что он выдан в Краснодарском Крае. В некоторых посольствах для получения визы, необходимо заполнять анкеты, где указываются данные из гражданского паспорта. Вот тут то и видно где "уши торчат".
А при вашем нормальном российском паспорте, у вас не должно быть никаких проблем.