Я летела через Германию с голландской визой в чистий паспорт. Вопроси возникли только в Украине. 

В германии спросили с какой целью и сколько денег. В киеве на контроле звонили в визовий центр для консультации. Сказали можно шенген зона. Как в швейцарии  не знаю