София, не путайте народ. Всё верно Елена написала. Штампы Шенгена ставят в первой стране влёта в Шенгенскую зону и не имеет значения, транзитный ли рейс. То же при вылете- штамп страны вылета из Шенгенской зоны. На моём примере - с испанской визой летела в Малагу через Париж и так же обратно. Штампы поставили французы и теоретически могла выйти погулять в Париж(или практически, если бы стыковка была долгая), в Испании уже никакого контроля, за багажом и на выход.
И, кстати, София, да, иногда нужна виза и для транзита. Например, для полёта в безвизовые страны Южной Америки самые доступные билеты через США, но! Надо визу их получать, возможно спец транзитную, досконально вопрос не изучала. Также какие-то рудности есть, если транзит через Великобританию, особенно для женщин.
Для автора поста - по греческой визе летом влетала/вылетала Испания и пробыла там более дву месяцев. Никаких вопросов. Правда таки думаю, что хоть один греческий штамп неплохо бы заиметь.